Počítačovým návrhům léčiv se věnují účastníci mezinárodního workshopu Advanced in silico Drug Design, který v úterý začal na přírodovědecké fakultě. Účastní se ho zhruba tři desítky doktorandů i postdoků, z větší části zahraničních. Získávají nejen teoretické znalosti, ale v závěrečné soutěži budou moci poměřit i své schopnosti v simulovaném návrhu léčiva.
„Workshop je zaměřený na návrhy molekul léčiv s pomocí různých výpočetních metod. Ať už jde o metody, které využívají strukturu molekulárních cílů, nebo vycházejí se znalosti struktury léčiva jako takového. To je oblast, které se dlouhodobě věnuji,“ uvedl organizátor workshopu Karel Berka z katedry fyzikální chemie a Regionálního centra pokročilých technologií a materiálů.
O své znalosti a zkušenosti se podělí i Pavel Polishchuk a Jana Vrbková z lékařské fakulty, a dva externí lektoři – Thierry Langer z Vídeňské univerzity a Martin Lepšík z Ústavu organické chemie a biochemie Akademie věd ČR.
Podle docenta Berky je racionální design léčiv významnou a perspektivní součástí výpočetní chemie. „Když navrhujete účinnou látku, je první klíčovou otázkou to, jak ji vybrat z nečetného množství možností. Velmi pomůže, pokud se už ví o nějakých účinných látkách, které je potřeba vylepšit. V počítači pak můžeme vyzkoušet, jaké jsou různé varianty molekul, které má smysl syntetizovat. Tím se ušetří náklady i čas experimentátorů. Druhou možností je to, že experimentátoři již mají připravené a zanalyzované sady látek a snaží se zjistit, proč jim některé fungují a jiné ne, a na základě toho zjistit, co mají na molekule vylepšit, aby byla ještě účinnější. Počítačový model pomůže pochopit, jak bude molekula v těle interagovat,“ vysvětlil Berka.
Výpočetní chemici z katedry fyzikální chemie spolupracují s řadou různých specialistů – přírodovědci, lékaři i farmaceuty z akademické sféry i komerčních firem. Své znalosti využívají nejen při zkoumání léčiv, ale například i při přípravě chytrých hnojiv. Velkého pokroku dosahují i díky rozvoji počítačové techniky. „Máme super počítače, které umožňují zkoumat najednou velké množství látek. Metody jsou velmi rychlé, data se zpracují třeba za hodinu. Kdyby se měly všechny látky otestovat experimentálně, trvalo by to měsíce, ne-li roky,“ doplnil Berka.
Workshop se letos koná třetím rokem, jeho program se uzavře ve čtvrtek. Finančně ho podpořil ELIXIR Czech republic – národní infrastruktural pro bioinformatiku, který zahrnuje pokročilé výpočetní prostředí, specializované sbírky dat a jedinečné nástroje poskytované komunitě věd o životě. Ceny do soutěže podpořila kanadská společnost Life Chemicals zabývající se službami kolem testování látek.