V tuzemsku ojedinělou laboratoř pro sekvenování DNA, tedy čtení dědičné informace rostlin, vybudovalo Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum (CRH), které sdružuje výzkumné týmy Univerzity Palackého a olomouckých pracovišť Ústavu experimentální botaniky Akademie věd ČR, v.v.i. a Výzkumného ústavu rostlinné výroby, v.v.i. Slavnostní otevření laboratoře se uskutečnilo dnes u příležitosti zahájení mezinárodní konference Plant Biotechnology: Green for Good V.
„Současný excelentní výzkum není myslitelný bez špičkového přístrojového vybavení. Díky nové laboratoři si Centrum regionu Haná bude moci udržet výsadní postavení v oblasti genomiky a biotechnologie rostlin v celosvětovém měřítku. Budeme také moci rozšířit a prohloubit spolupráci s českými šlechtiteli a pomoci jim při zavádění molekulárních metod ve šlechtění rostlin,” řekl vědecký ředitel CRH a vedoucí Centra strukturní a funkční genomiky rostlin Ústavu experimentální botaniky Akademie věd ČR Jaroslav Doležel.
Laboratoř soustředí špičkovou kvalitu i odborníky
Sekvenační laboratoři vévodí vysokokapacitní DNA sekvenátor NovaSeq 6000 za 29 milionů korun, který CRH nedávno pořídilo díky projektu Rostliny jako prostředek udržitelného globálního rozvoje z Operačního programu Věda, výzkum a vzdělávání. Kromě toho se v laboratoři nacházejí další tři sekvenátory s různou kapacitou, výkonností i systémy sekvenování.
„V akademickém prostředí v tuzemsku je nově vzniklá sekvenační laboratoř ojedinělá. Na jednom místě se podařilo soustředit špičkovou techniku, ale také odborníky, kteří mají s touto prací bohaté zkušenosti. Provádíme často natolik specializované analýzy, že by nebylo možné si je někde jinde nakoupit jako službu. Zásadní je to, že máme zkušenost s poměrně sofistikovanou přípravou vzorků. Tím jsme zajímaví i pro mnohé partnery, jimž můžeme tyto služby nabízet,“ uvedl vedoucí laboratoře Jan Bartoš.
Nový přístroj má 400krát vyšší kapacitu než nejvýkonnější sekvenátor, který měli olomoučtí vědci dosud k dispozici. V jednom běhu přečte 6 tisíc miliard bází DNA, v centru pozornosti výzkumníků bude genom ječmene. Díky podrobným analýzám mohou vědci zjistit, které geny odpovídají za různé vlastnosti plodiny, například za odolnost vůči suchu či rezistenci vůči chorobám. Technické parametry nového sekvenátoru umožní nejen rychlejší a podrobnější studium, ale otevírají i nové směry výzkumu.
„V rámci projektu chceme studovat, jaká je organizace genomu v prostoru buněčného jádra a jak různé faktory, i vnějšího prostředí, toto uspořádání ovlivňují. Dosud jsme tyto analýzy provádět nemohli, ale nový přístroj nám to umožní,“ doplnil Bartoš.
Odborníci budou hledat řešení na globální problémy
Získané informace mohou mimo jiné přispět ke šlechtění hospodářských plodin významných pro výživu lidstva, které budou mít vyšší výnosy i odolnost vůči chorobám a nepříznivým vlivům vnějšího prostředí. To je i jedna z oblastí, jíž se budou zabývat účastníci konference Plant Biotechnology: Green for Good V. Olomoucké vědecké centrum ji pořádá ve spolupráci s Evropskou biotechnologickou federací (EFB). Odborníci z 20 zemí světa na ní budou až do čtvrtka představovat nové poznatky z oblasti rostlinných biotechnologií, jež by mohly přispět k řešení některých globálních problémů.
„Smyslem konference je přiblížit účastníkům nové trendy v oblasti rostlinných biotechnologií, genetiky či biochemie rostlin a vzájemná výměna zkušeností a kontaktů. Jedním z úkolů je také hledat cesty pro řešení důležitých globálních problémů včetně hrozby nedostatku potravin pro stále rostoucí populaci. Zejména mladí vědci dostávají příležitost setkat se s kapacitami svého oboru a prezentovat před nimi vlastní výsledky. V tomto směru se letos máme čím chlubit, přijede řada skutečně vynikajících vědců z prestižních zahraničních pracovišť,“ řekl ředitel CRH Ivo Frébort.
O úvodní přednášku se postará odborník na sekvenování genomů obilovin Nils Stein z IPK Gatersleben a Univerzity v Göttingenu, následně vystoupí Miltos Tsiantis, jeden z ředitelů Ústavu Maxe Plancka pro výzkum šlechtitelství rostlin v Kolíně nad Rýnem. Mezi klíčové řečníky bude patřit například Kyle Lancaster z Cornell University v USA, jehož účast na olomoucké konferenci finančně podpořilo Velvyslanectví USA v České republice. Tento mladý a velmi perspektivní vědec se věnuje problematice fixace dusíku v půdě, takzvané nitrifikaci, která je důležitou součástí koloběhu dusíku a jsou do ní zapojeny mnohé půdní bakterie. Svoji účast potvrdili mimo jiné i mikrobiální ekoložka Asa Frostegard z Norwegian University of Life Sciences nebo Sunghwa Choe z Seoul National University v Jižní Koreji, který svůj odborný zájem soustředí zejména na editování genomu metodou CRISPR. Na konferenci bude zastupovat Asijskou biotechnologickou federaci, jež úzce spolupracuje s EFB.
Premiérová účast RCPTM
Do programu se poprvé zapojí i vědci z olomouckého Regionálního centra pokročilých technologií a materiálů, a to v rámci nové sekce Udržitelné technologie pro životní prostředí. Jejím klíčovým řečníkem bude chemik Rajender S. Varma, který kromě RCPTM pracuje v Agentuře pro ochranu životního prostředí v USA. Další novinkou bude Grantový a publikační workshop.
Konference Green for Good se v Olomouci uskutečnila poprvé v roce 2011, na přírodovědecké fakultě Univerzity Palackého se koná každé dva roky. Zúčastnila se jí řada významných světových rostlinných biotechnologů, mimo jiné odborník na chemickou ekologii a nositel prestižní Wolfovy ceny za zemědělství John Pickett z Velké Británie, belgický molekulární biolog rostlin a laureát World Food Prize Marc Van Montagu, Clint Chapple z Purdue University nebo Patrick Schnable z Iowa State University v USA.