Někdy i více než dvě stě vzorků k vyšetření na přítomnost nového typu koronaviru SARS-CoV-2 projde za den pod rukama pracovníků Ústavu mikrobiologie Lékařské fakulty Univerzity Palackého a Fakultní nemocnice Olomouc. Tamní laboratoře jsou pro Olomoucko klíčové, vzorky testují nepřetržitě již od poloviny března.
Na první pohled to na chodbě mikrobiologie v Dostavbě Teoretických ústavů LF UP vůbec nevypadá, že by okolo probíhala závažná epidemie ještě nedávno neznámého viru. „Celý náš tým k situaci přistupuje velice odpovědně a svědomitě a atmosféra je tu dobrá, optimistická, i když je práce opravdu dost a jsme tu hluboko do noci. Myslím, že se kolektiv ještě více stmelil. Jsem na všechny hrdý,“ uvedl Milan Kolář, přednosta ústavu, na jehož pracoviště během dne proudí ve speciálních bezpečnostních boxech vzorky od testovaných pacientů s podezřením na COVID-19.
Tyto boxy přináší pochůzková služba, nesmějí do nemocniční potrubní pošty a neprocházejí standardním příjmem materiálu. Jdou přímo do laboratoře s nejvyšším stupněm zabezpečení, kde se původně vyšetřovala jen tuberkulóza a přístup sem mají pouze určení pracovníci. Místnost je tlakově zajištěná, napojena na speciální odpady nebo opatřena vstupním filtrem, kde se laborant převléká a vybaví všemi dostupnými ochrannými prostředky. Ty se po odchodu z pracoviště musejí znehodnotit či dezinfikovat.
Do testování vzorků s podezřením na koronavirus je zapojen od konce března také Ústav molekulární a translační medicíny LF UP. Olomoucké laboratoře tak hrají důležitou roli nejen v rámci Olomouckého kraje, ale v případě potřeby pomáhají s testováním i přetíženým testovacím místům v jiných regionech.
„V rámci diferenciální diagnostiky míváme i požadavky na další typy vyšetření, takže laborantka tu připraví vzorek i pro další úseky mikrobiologie tak, aby materiál podléhal nižšímu stupni zabezpečení, ve kterém standardně pracujeme. Co se týče přímo vyšetření COVID-19, provádí se pomocí metody RT-PCR, stejně jako například u atypických pneumonií nebo chřipky. Ze vzorku se izoluje nukleová kyselina viru a dochází k amplifikaci, tedy namnožení hledaných úseků nukleové kyseliny tak, abychom ji byli schopni na dalších přístrojích detekovat a vyhodnotit. Pokud v odebraném vzorku nukleová kyselina není, výsledek testu je negativní,“ přibližuje průběh vyšetření primářka Yvona Lovečková.
Výsledek v den odběru
Vyšetření jednoho vzorku zabere včetně všech administrativních náležitostí zhruba pět hodin. „Systém hlášení je poměrně složitý. Když se skončí v laboratoři, pracuje se ještě na statistice. Každý večer předáváme informace na krajskou hygienickou stanici, všechny pozitivní vzorky se hlásí do registru ministerstva zdravotnictví, kumulativní počty za den pak na Státní zdravotní ústav. Kromě toho ihned informujeme o pozitivních vzorcích oddělení fakultní nemocnice,“ vyjmenovává primářka. Vzorky bývají zpracované v den přijetí do laboratoře a vyšetřované osoby se tak výsledky dozvídají v den odběru, případně následující den, pokud jde o vzorky přijaté později odpoledne. Taková rychlost není u jiných laboratoří běžná. „Hlášení negativních výsledků máme zautomatizováno. V momentě uvolnění negativního výsledku ihned odchází pacientovi informace prostřednictvím sms. Připravili jsme také portál, který umožňuje praktickým lékařům nahlížet do výsledků jejich pacientů,“ dodává Yvona Lovečková.
Dvěma týmům pracovníků mikrobiologie, které se v laboratořích od 14. března po dni střídají, prošlo pod rukama již přes tři tisíce vzorků s podezřením na infekci koronavirem. Pocházely zejména z Fakultní nemocnice Olomouc a z odběrného místa u Teoretických ústavů LF UP, mikrobiologové pomohli také například se vzorky z Vojenské nemocnice Olomouc či Nemocnice Šumperk. Významnou pomoc personálu ústavu představovali studenti Lékařské fakulty UP, kteří hlásili negativní výsledky před zavedením automatického odesílání sms.
Kromě toho se na pracovištích ústavu zpracovávají i další vzorky z fakultní nemocnice. „K nejmarkantnější změně režimu a nárůstu práce však došlo právě na úseku molekulárně-biologických metod, kde vyšetřujeme COVID-19. Na ostatních úsecích je standardní pracovní doba, někdy prodloužená podle potřeby, a poloviční počet zaměstnanců z důvodu směnného provozu,“ popisuje Yvona Lovečková.
Vydržíme
Nejtěžší přitom bylo počáteční organizační nastavení nového režimu, s technickými problémy nebo třeba výpadky potřebného materiálu se mikrobiologové nemuseli potýkat. „Naší výhodou je, že využíváme dvou detekčních testovacích systémů, které máme zaběhlé a je na ně spoleh, a tedy i dvou dodavatelů. A kdyby jeden systém z nějakého důvodu vypadl, využijeme druhý. Pro nás je to rutina, denní chléb, jen v tuto chvíli pracujeme s jiným testem a metodikou,“ dodává přednosta ústavu Milan Kolář.
Věří, že epidemie bude kulminovat na přelomu dubna a května a pak se začne situace výrazněji zlepšovat. „Záleží ale na tom, jak se bude chovat populace, jak budou všichni dodržovat zavedená opatření, hygienu rukou, bezpečnou vzdálenost, jak se budou chovat odpovědně,“ říká s tím, že tým ústavu se bude podílet i na chystaném testování promořenosti populace. A že mikrobiologie vydrží, dokud to bude třeba. „Je nutné vyjádřit velké poděkování všem pracovníkům za obrovské nasazení a svědomitý i lidský přístup k naší mikrobiologické práci, kterou rádi děláme pro naše spoluobčany,“ uzavírá Milan Kolář.
